传说中有一种锻造技术，可以将少女心灵剥离出体锻造于兵器之中，其中更顶级的器灵称之为七煌器灵。能够和器灵定下契约驾驭器灵的人称之为御灵师，天公会就是保护残存器灵及器灵师的组织，另外一个能够与天公会抗衡的御灵师集团叫做九卿，九卿与天公会势不两立，他们最后大战一场。结果天公会攻打，手下器灵几乎全部被九卿夺走。

莫明带着修复的七煌器灵凝雨坐专机来到台湾某小岛，这里是九卿总部。配合其行动的是御管部门的江河，他告诉莫明，他们终于查到九卿总部有众多机枪手，他们因此建立了具体的行动计划。莫明却没有耐心听他说完全部行动计划，而是直接从飞机上跳下来直接坠入到岛屿上。莫明如同战神一般所向披靡，被修复好的凝雨幻化成人形相助莫明打败岛屿外围的保卫。莫明冲进九卿总部里经常找到九卿的血巢所在，那里有他必须的血清。

此时空海悠正带着自己的同事新井参观血巢，空海悠也是一名七煌器灵御灵师（器灵搭档乱魂残雪）。新井看着血巢和收藏于此的血清不禁叹为观止。这时莫明闯过来器灵第二季，莫明对空海悠不屑一顾，他径直走向收藏血清的地方直接动手去取。空海悠向莫明发动进攻，新井也出手相助，无奈双方都不是强大的莫明的敌人，莫明放过空海悠和新井直接拿着血清离开。莫明刚走到九卿总部大楼便被人包围。就在此危急时刻，林晨玉突然发生救走莫明。

九卿御灵师宇多田（器灵搭档长信宫灯）把莫明夺走血清的事向官吏头目徐福作了汇报。此时的徐福利用赤霄剑里的真龙之血修炼而今天完成脱胎换骨。徐福称自己要闭关，他把血清的事留给宇多田去处理。

天工会器灵锻造室里，林晨玉正恢复体力。凝雨有些奇怪林晨玉会显得疲惫，林晨玉告诉她们自己跟器灵雪月在一起了。莫明和凝雨都有些愕然，林晨玉告诉莫明，御灵师和器灵产生情感在一起会大大降低它们的力量，他劝莫明好好考虑跟重黎的感情，然后再决定要不要救她。林晨玉还告诉莫明，因为莫母身体里有超强的灵气，所以被器灵反噬才没有丧命。

御管部门负责人夏望冬告诫莫明，上次他跟江河的行动中不听指挥擅自行动，以后需要引以为戒。莫明不屑地笑笑没有计较，他心中现在唯有赶紧修复重黎一事。莫明问夏望冬现在血清也找到了，他们能否应该开始修复重黎。夏望冬却在此时欲言又止地告诉莫明，器灵不该存在于这个社会，等跟九卿战斗结束，他期望莫明能将重黎和凝雨一起交给国家。莫明有些愤然，夏望科急忙安抚。

狱虬反噬了白天洛的身体，她有信心再过几天白天洛的灵魂就抵抗不下来会死，到时候她就可以完全占据白天洛。这时宇多田找来狱虬告诉她，让她去S区再次成立基地，而且去处理莫明母亲的事情。狱虬领命而去。

夏望冬召开大会介绍了现在存于世间的一千多件器灵的状况，他说这次绝大部分器灵都把握在九卿手上。夏望冬担忧地称，九卿现在研究出器灵反噬人类的血清，如果它们建立一支器灵的部队那这个世界将出现很大改变，所以他期望林晨玉等人可加入到这个组织一起行动。林晨玉表示自己守护天公会三百多年已经疲惫不堪器灵第二季，现在天公会被灭，自己也不想再参加行动。与会的天音也表示抗议，她说如果恢复小狐丸。苏夜在一旁开口称，像魂石受损的状况恢复并不容易，需要再等等。莫明闻言急了，他随即问苏夜重黎的修复怎么办。苏夜冷冷地称，自己并没说过想修复重黎。他说制造出这些弑主的器灵本就是自己宗族的悲哀，现在重黎毁损也省得自己动手。莫明大怒，他时常朝苏夜动手，天音拦住莫明称，小狐丸修复好当时他不能动苏夜。这在众人剑拔弩张时，夏知秋突然跑到叫住了莫明。